Muzeum i Instytut Zoologii PAN jest jednostką naukową kategorii B+ o ponad 200 letniej historii, w którym prowadzone są badania taksonomiczne, filogenetyczne i ekologiczne i genetyczne, z wykorzystaniem nowoczesnych metod analiz morfologicznych, technik badań molekularnych i biometrycznych. Instytut prowadzi badania z zakresu systematyki zwierząt, rozwoju badań dotyczących ekologii i ewolucji, faunistki, fizjografii, filogenetyki i zoogeografii, realizowanych z wykorzystaniem najnowocześniejszych metod badawczych, w tym molekularnych, obrazowania i analiz 3D. Główne tematy: 

1.  Zróżnicowanie genetyczne i morfologiczne oraz ewolucja i filogeneza zwierząt. 
2. Socjobiologia, ekologia, taksonomia, filogeneza i zoogeografia błonkówek społecznych i parazytoidalnych. 
3. Biologia, ekologia i ochrona ptaków w zmieniającym się środowisku.
4. Ewolucja, ekologia i etologia ssaków.
5. Różnorodność, trwałość populacji i ochrona zwierząt. 

 Muzeum i Instytut Zoologii PAN jest jednostką naukową, zapewniającą ciągłość państwowej opieki instytucjonalnej nad jednymi z najstarszych zbiorów zoologicznych w Polsce, a więc odnosi się bezpośrednio do tradycji i historii Gabinetu Zoologicznego powołanego w roku 1818 jako jednego z kilkunastu w nowoutworzonym Królewskim Uniwersytecie Warszawskim, a także Muzeum Branickich (rok założenia 1887), czy też kolekcji malakologicznej Władysława Emanuela Lubomirskiego. 

  Posiadając Naukową Kolekcję Zoologiczną liczącą blisko 8 mln okazów, stanowi zaplecze badawcze dla wielu instytucji naukowych funkcjonujących w Polsce i na świecie. Realizowane w Instytucie projekty dokumentacyjne zmierzają do udostępniania informacji o zgromadzonych okazach w ramach konsorcjów polskich (KSIB), europejskich (CETAF), oraz światowych (GBIF). 

W Muzeum i Instytucie Zoologii PAN działa Centrala Obrączkowania Ptaków, powołana w 1931 r. a obecnie usytuowana w Stacji Ornitologicznej MiIZ PAN w Gdańsku. 

  MiIZ PAN prezentuje część swoich zbiorów na wystawach stałych organizowanych wspólnie z Uniwersytetem Gdańskim, Warszawskim Ogrodem Zoologicznym i Fundacją PANDA Muzeum Uniwersytetu Warszawskiego, Muzeum Ewolucji Instytutu Paleobiologii PAN.  

MiIZ PAN jest wydawcą 5 tytułów czasopism naukowych kontynuując tradycję wydawniczą zapoczątkowaną w wieku XX.